Das Merchinger Wappen bezieht sich auf die Grafen von Andechs, die den goldenen Adler im blauen Feld in ihrem Wappen führten. Um Verwechslungen mit Wappen anderer Gemeinden zu vermeiden, wird der Andechser Adler im Merchinger Wappen in vertauschten Farben abgebildet. Im unteren Teil befindet sich das goldene Kleeblattkreuz der Reichsabtei St. Ulrich und Afra in Augsburg.